１話『機械と少年』（曲：翼をください）
めんどくさっ･･･！シエリは独りが好きなの
ムジカアカデミーへ向かう途中に雷雲に遭遇し、不時着したムジカドクター・シエリは傷ついたモンストロを直そうとしている修理技師見らないの少年・トットと出会い、何も知らないトットにモンストロについて語る
もしこのモンストロを治せたら、私の船も直してくれない？
ところが船は結局直せなかったトット、身動き取れないシエリは共にトットの船へと向かう
２話『森の沈没船』（曲：チキ・チキ・バン・バン）
トットに連れられて来たのは森の沈没船「アルカ号」
シエリの滞在に否定的なアルカ号の船長フォリア
シエリ、ピ～ンチ
モンストロを治療すると、偶然にもずっと動いてなかったアルカ号のエンジンの歯車が動き出した
３話『ふたつの表情』（曲：青い眼の人形）
モンストロを治療して、３つの歯車が動き出せば、再びアルカ号が空を飛ぶかもしれない
お･･･？シエリ、チャンスでは？
この船を飛ばすにはムジカドクターがいたほうが･･･と、自分を売り込み滞在を許可されるシエリ
そしてモンストロを治療し、２つ目の歯車が動き出した
４話『陽気な歌声』（曲：Ob-La-Di, Ob-La-Da）
アルカ号の住人、ルッチョラさん登場
のん気なルッチョラに対し、真面目にモンストロの治療をしようとするシエリと衝突しかけるが、ルッチョラの助言により見事モンストロを治療に成功し、遂に３つ目の歯車が動き出す
ところが、なんとアルカ号には船を動かす機関士が不在だった
５話『モレッティのこっそりニュース』
シエリとの電話で状況を把握するローリー司令官
シエリからの近況報告、というかたちでの１～４話総集編
シエリをアルカ号ごとアカデミーに連れ戻すために、機関士を送るというローリー司令官
モレツティは関係のない船にアカデミーの人員を送るのはどうかと進言しますが・・・
シエリが無事だったんだからいいじゃないの
一匹狼だったあの子が不時着して出会った人たちと手を組んで！
すばらしい進歩よ
６話『やってきた機関士』（曲：ラデツキー行進曲）
アルカ号へやって来た機関士は、ベルカント号の機関士ルネッタ
シエリとは知り合いの模様
古すぎる仕様のアルカ号は、ルネッタでは修理不可能とのこと
せめて、船の図面･･･設計図みたいのがあればいいんですが･･･
７話『飛べ！アルカ号』（曲：Jump）
設計図を求めて、船の中を大捜索する一行
すると誤作動によって船が大きく揺れ、その衝撃で落ちた写真の裏の壁に貼られた設計図が発見された
しかし古代文字で書かれた設計図は誰も読むことができない
楽譜のような記号の通りに演奏を試みると、アルカ号が反応し、収納されていたプロペラが現れた
だが、プロペラは出て来ただけで動かなかった
そこへベースを抱えたアルカ号の住人スピカが戻ってきた
ただいま･･･わあ、人いっぱい･･･
スピカの言葉にシエリは、独りが好きだと言っていた自分が、いつの間にかアルカ号に馴染んでいたことに気づく
ゴロゴロ
スピカは謎の言葉を残して、自分の部屋へと戻っていった
その瞬間、アルカ号に雷が落ち、プロペラが動き出した
同じ船に乗ってるのに、仲間はずれを作るなんて変
電気の力とスピカのベースを加えた演奏によって、遂にアルカ号が森から空へと舞い上がった
８話『真夜中の治療』（曲：Just the Two of Us）
広い！広い！広すぎる！この世界は想像の100倍広いぞ！
船の上からの眺めに感動するトット
しかし、ムジカアカデミーに到着すればシエリとルネッタは船を降りることになる
真夜中の飛行中、ルネッタがモンストロを発見
最後の治療に挑むアルカ号の一行
治療を終えたシエリに、フォリアがトットをムジカアカデミーに入学させてほしいと頼む
９話『決意』（曲：八木節）
絶っっ対追い返されるわ
トットのムジカアカデミー入学について悩むシエリはルネッタに相談
そこへモンストロが発見された
トットは即興で歌詞を作りモンストロを治療する
♪ おいら名前を トットと申す
♪ 国は辺境 フンギの森で
♪ 幼けれども 修理の名手
♪ 万事直すと おごっちゃいたが
♪ ただで直せぬ あのオルゴール
♪ 煮ても焼いても 動かぬものを
♪ 歌で飛ばすたぁ びっくらこいた
♪ 鳴かず飛ばずの 沈没船が
♪ 雲に届いて 大空翔けりゃ
♪ 胸にひとつの 大志をいだく
♪ いつかなりたい ムジカのドクター
♪ 夢と散るかは おのれ次第よ
八木節に乗せた歌詞でトットの想いと才能を感じたシエリは、トットを育てる決意をして、ルネッタと共にアルカ号に残ることにした
私、トットを育てるって決めた
ローリー司令官が腰抜かすほど育ててから会わせる
１０話『モレッティのこっそりニュース続報』
ムジカアカデミーを通過して旅に出たアルカ号
ローリー司令官の元へシエリから、帰らない旨を伝える電話がかかる
６～９話総集編
１１話『フワフワ』（曲：Stir it up）
トットをムジカアカデミーに入学させるために拍の取り方を特訓中のシエリ
シエリを追うローリー司令官とモレツティ
１２話『トットの反抗』（曲：電撃バップ）
機器の修理に夢中のトット、シエリにムジカドクターになる練習はしたのかと次々に言われ、ブチギレして出て行ってしまう
今しようとしてたのに！ウゥ～ッ！！
モンストロを発見したトットは、同じくルネッタと揉めて外に出て来たルッチョラさんと、２人で治療してシエリ達を見返そうと、勝手に治療を始めてしまうが、シエリも自分の言い方が悪かったと出てきて無事に仲直りをする
１３話『ラザニアとホットドッグ』（曲：ポンポン蒸気）
ラザニアとホットドッグ、どっちが美味しいかで揉めるシエリとトット
ホットドッグに合わせた跳ねるリズムでモンストロを治療するアルカ号のクルー達
ところが演奏後、シエリは紅茶をこぼしてトットの診察機を壊してしまう
１４話『シエリと診察機』（曲：サンバ・デ・ジャネイロ）
壊してしまったトットの診察機を自分で直したいと、フォリアに修理を習おうとするシエリ
えっ！？機械をいじるのが苦手な君が･･･？
手が汚れるのが嫌いな君が？ｗ
一方、診察機が壊れて落ち込むトットに、スピガが元気が出るようにと、ホイッスルを渡す
無事に診察機も直り、報告書を書こうとしたが、トットの報告書はなんとルネッタによってアカデミーに送られてしまっていた
１５話『モレッティのこっそりニュース続報』
アカデミーに届いたシエリの報告書に目を通すローリー司令官とモレッティ
あの子こんなミミズがのたくったような字、書いたかしら･･･
報告書がシエリのものでは無いとわかり、再びシエリの居場所をつきとめるべく退出するローリー司令官
１１～１４話総集編
１６話『涙』（曲：飾りじゃないのよ涙は）
まずいよまずいよ～
居場所がバレたら私とルネッタは連れ戻されちゃう
報告書から居場所をつきとめられ、アカデミーに連れ戻されたシエリとルネッタ
別れを惜しんで泣きだすトット
二度と会えないかもじゃないですか！
「ちょっと」ってどれぐらいですか！
帰らないって言ったじゃないですか！
子供の３～４倍は生きている大人の「ちょっと」は子供にとっては３～４倍の時間の感覚なのカナ？
そしてモンストロの治療を終え、アルカ号のクルー達と別れることになった
１７話『 決まらない目的地』（曲：二声のインヴェンション 第１番）
シエリいなーい、ルネッタいなーい
２人と別れて覇気が無いアルカ号のクルー達
シエリ抜きでモンストロを治療するも、目的地も決められず彷徨うアルカ号
ところが、もらった日記にはシエリからの伝言が挟まっていた
私はみんなと旅すること、トットをドクターにすること、全然諦めていません
１８話『作戦開始』（曲：ミッション・インポッシブルのテーマ）
シエリの指定した場所へと向かったアルカ号
無事ルネッタとは合流できたが、シエリは監視が厳しく抜け出すことができなかった
シエリ奪還計画を立案したアルカ号
ルッチェラとスピカがアカデミーに侵入するが、ローリー司令官たちに見つかり、撤退を余儀なくされる
一方倉庫に閉じ込められていたシエリは、倉庫に置き去りにされていたモンストロをアルカ号のクルー達との演奏によって治療し、空を飛んでアカデミーを脱出した
１９話『モレッティのこっそりニュース続報』
まんまとシエリに逃げられたムジカアカデミーに、アルカ号からの報告書が届く
報告書に目を通すローリー司令官だが、報告書の出来栄えに納得し、トットとの面談を希望する
そのとき、巨大モンストロがアカデミーと接触し、モンストロの重みでアカデミーは墜落の危機に
壊れてるものを直す、それが私たちアルカ号の役目でしょ？
SOS無線を聞きつけたアルカ号はアカデミーの救出へと向かう
１６～１８話総集編
シーズン９最終話『進め！アルカ号』（曲：ネバーエンディング・ストーリーのテーマ）
駆け付けたアルカ号に共に乗り込んだローリー司令官とモレッティ
斬新なトットの治療法に関心する
シエリと共にローリー司令官もトットを指導し、見事モンストロはアカデミーから飛び立ち、墜落の危機を免れる
フォリア船長、私からお願いがあります
トット君をぜひ、我がムジカアカデミーに
ムジカアカデミーを救った功績が認められ、入学を許可されたトット
そしてシエリとルネッタは正式にアルカ号のクルーとして派遣され、トットの指導を続けることになった
私たち、また一緒に旅ができることになりました
新たなモンストロを発見し、治療へと向かうアルカ号
アルカ号の本当の旅は、これから始まる
船に隠された秘密は、また別のお話･･･
「また別のお話」、昔好きだった「王様のレストラン」のナレーションを彷彿とさせる、続きが気になるエンディングでしたねｗ
ぶっちゃけると、アリーナ、ピッピと来て、アルカ号には特別お気に入りのクルーはいないものの、トットとローリー司令官、モレツティ以外、全員がゆるいという謎の雰囲気がなんか良かったです★
アルカ号の謎気になる～
