1話『ムジカリブロ』（曲：ダイナマイト）
最近空に浮かぶ建造物が目撃されるようになった
その名は「ムジカリブロ」
遥か古代の書物が数多く眠ると伝えられている伝説の空中図書館
その固く閉ざされた扉を開けるため、ベルカント号は失われた５つ財宝「ムジカオーブ」を探す旅に出た
不在のピッピはピッピ人形で参加ｗ
治療されて飛び立ったモンストロから光る何かが落下した
2話『がんばれ！機関士』（曲：キャラバンの到着）
船が故障し、部品を探しに降りた街でアポロン５号の機関士ブルーノと偶然再会する
ジュリオたちはブルーノに修理の手伝いを頼むことに･･･の前にモンストロの治療も
無事に船の修理も終わり、ピッピも合流
そしてブルーノの「ムジカオーブは光り輝くモンストロが羽ばたく時に現れる」というおとぎ話から、前回拾ったものがムジカオーブだと判明する
3話『こわれたラブソング』（曲：君の瞳に恋してる）
ムジカリブロの挿絵を見て、ベルカント号に合流する途中でムジカリブロを見たというピッピ
信じられないフローラは「夢でも見たのでは？」とピッピをからかう
ピッピと同じ船に乗っていたハッチェルもなんだか曖昧な感じ
本当にムジカリブロを見たのか見てないのかでケンカになるフローラとピッピ
モンストロの治療でもケンカになってしまう
が、なんだかんだで２人で力を合わせてモンストロの治療に成功するのでした
しかし、ムジカオーブは入手できなかった
ジュリオはアカデミーにあった古い資料のことを思い出す
4話『アカデミーの魔物』（曲：劇付随音楽『ペール・ギュント』から「山の魔王の宮殿で」）
ムジカリブロについて書かれている本を見るローリー司令官
そこに描かれていた魔物がムジカアカデミーに現れた
と、思ったが実はただのモンストロで、トイレに行っていなくなっていたロッソの代わりにローリー司令官とモレツティが演奏に加わりモンストロの治療をする
今回役に立たなかったロッソさんかと思いきや、ちゃっかりとアカデミーの指令室から目的の本を入手してくれていた
5話『アカデミー通信教育』
通信教育を開始したムジカアカデミー
ローリー司令官とモレツティが動画の撮影に勤しみます
１～４話総集編
6話『海辺のひびき』（曲：I Get Around）
本の古代文字の解読を進めるジュリオ
「３つの塔の、笛の音重なりし時、ムジカリブロ、天空の彼方より来たる」
モンストロの治療も終えて、２つ目のムジカオーブもゲット！
7話『コーヒーとパン』（曲：Tico-Tico no Fubá）
時間を忘れて本の解読に夢中になるジュリオ
ちょうどその時、ベルカント号が燃料切れで不時着してしまい、休憩を兼ねてカフェへ向かう３人
カフェで注文しようとすると、モンストロが出現したためにコーヒーとパンはおあずけ
モンストロは無事治療されたが、ムジカオーブは持っていなかったようだ
そしてアカデミーでは、ローリー司令官たちがフローラとピッピの書類を準備していて･･･
そろそろあの子たちにも「あの話」をしなくてはならないわね
8話『ギラギラ』（曲：NIGHT OF FIRE）
モンストロの治療をしながら旅を続けるベルカント号
そしてアカデミーから「ムジカリブロの扉を開けたら、フローラとピッピにムジカドクターの資格を与える」と、連絡が入る
9話『水面の恋』（曲：蘇州夜曲）
録画失敗
10話『続・アカデミー通信教育』
6～9話総集編
フローラとピッピのムジカドクター飛び級について話し合うローリー司令官とモレツティ
しかし、アカデミーから支給される船は一艘、つまりムジカドクターになれるのはどちらか一人だけ？
これは試練よ、ムジカドクターになるには仲良しこよしじゃダメなのよ、本気でぶつかって自分の足で立つもの、これがムジカドクターに相応しいのです
11話『自由行動』（曲：Can’t Stop）
モンストロの治療は順調だが、ムジカリブロの本の解読も、ムジカオーブの収集もさっぱり進まないベルカント号
フローラとピッピもアカデミーに呼び出され、解読に飽きたジュリオによって本日のベルカント号は自由行動に決定
ところが、ゆったりとすごすロッソ達の前にモンストロが
モンストロ治療を率先してやるロッソを見て、ルネッタは「本当はムジカドクターに戻りたいのでは？」と問いかける
そして、船に戻ったフローラとピッピ
アカデミーでどちらか一人しかムジカドクターになれないと聞いて、心は沈む
12話『いーやー！』（曲：会津磐梯山）
ムジカドクターになれるのはどちらか一人
ひとつの船に２人一緒に乗ることは許されない
ローリー司令官の裁定に納得のいかないジュリオは抗議の為にアカデミーへと赴く
気まずいふたりは外へ散歩に出るが、モンストロに遭遇する
ピッピとの勝負を避けたいフローラと、勝負に向き合わないフローラを叱咤するピッピはそれぞれの想いをぶつけ合う
そして、ふたりで治療したモンストロからは３つ目のムジカオーブが
私たち、友だちだけどライバル
ライバルだけど友だちだ！
13話『うまみ？』（曲：Around the World）
今回のモンストロ治療はベース兼シェフ担当のマーティが大活躍
古文書の新たな文章の解読も進む
14話『上がって下がって』（曲：カリンカ）
ムジカリブロについての古文書の解読を進めるジュリオ
クレイオ家のカギを受け継ぐ者よ
嵐治まりしとき、ムジカリブロの扉開かれん
ムジカリブロを作った一族クレイオ家
ムジカオーブを５つ集めて、さらにクレイオ家のカギも探さなければならないようだ
そこへハッチェルが「ムジカリブロが消えてしまう」と叫びながら現れた
どうやらムジカリブロは一度姿を現すと、上へ上へと上がり続けて行ってしまうそう
現れたモンストロはハッチェルを加えての治療により、無事空へと飛び立った
昔を思い出すハッチェルとピッピ
ハッチェルは、ピッピがムジカドクターになった暁には、サプライズプレゼントを用意すると約束をする
15話『続続・アカデミー通信教育』
11～14話総集編
16話『トキメキ』（曲：Choo Choo TRAIN）
手紙を見ながらため息をつくロッソ
送り主は、仲違いによってコンビを解消したが、かつては一緒にムジカドクターをしていた相棒ポッソ
治療中にギターを弾いてときめいていた、とルネッタに指摘されるロッソ
ロッソさん、やりたいことやってください
音楽からもらったトキメキ、今度はロッソさんが運ぶ番です
モンストロを治療し、もしムジカオーブが出たらポッソに返事を書くと決意するロッソ
そして飛び立ったモンストロからはムジカオーブが！
17話『ピッピのピアノ』（曲：幻想即興曲）
ハッチェルの言葉を思い出しながら、モンストロの治療をするピッピ
自分のムジカドクターへの道が見えてきた
「こうだ」って決めつけると聴こえなくなる音楽がある
わたし、世界中のいろんな音楽を受け入れられるムジカドクターになりたい
無事に飛び立ったモンストロからムジカオーブが落ちてきて、ついに５つのムジカオーブが揃った！
するとムジカオーブが光出して、ムジカリブロの方向を指し示した
そして、ジュリオの机の上でひっそと光を放つミラージュボール
18話『伝説の空中図書館』
伝説の空中図書館「ムジカリブロ」を遂に発見したベルカント号の一行
しかし･･･
光の差す先にムジカリブロ
本当にあったんだ！
急に荒れ始める空、これ以上は近づけない
ムジカリブロへとたどり着く鍵となる、光るミラージュボール
どんどん天へと浮上していくムジカリブロ
仲間によってつくられた道を進むジュリオ船長
なんと遥か大昔にムジカリブロを作ったクレイオ家の末裔はジュリオ船長だった！
でもここまでくるとむしろ清々しく面白いｗｗ
19話『フローラの歌』
いよいよムジカリブロの内部を探検するベルカント号の乗組員たち
しかし中に閉じ込められたフローラ、そして内部にはモンストロがいて、フローラがひとりで治療することに
今まで治療したモンストロの歌い方を思い出して、色々ひとりで試してみるフローラ
ついに扉は開き、船長たちと合流を果たす
そしてフローラの歌声によって、ムジカリブロの内部に灯りが灯った
ローリー司令官たちも駆けつけて、いよいよ試験の発表が行われる
最終話『良い旅を』
ムジカドクター試験の合格発表
思い出を語るフローラとピッピ
そしてフローラは、ムジカリブロで研究を続けるために船を降りるジュリオの代わりとしてベルカント号の新船長に
ピッピは船を降りて劇団を作るハッチェルの代わりにハッチェル船の船長に
ついでのロッソさんもムジカドクターへ返り咲き
めでたく３人のムジカドクターが誕生したところで、旅の仕上げの最後の演奏でＥＤです★
それじゃみんな、よい旅を（コッ♪）
閑話『ムジカアカデミー入学案内』
そもそもムジカピッコリーノとはどういうストーリーなのかという基本を、今更語るローリー司令官とモレツティ
基本は大事★
後半では、シーズン９の新キャラが登場
性格に難有り？のムジカドクター・シエリ、何かを修理しようとしている謎の少年とその保護者的な存在のピアニスト
こうご期待★
